Показаны сообщения с ярлыком микробиология. Показать все сообщения
Показаны сообщения с ярлыком микробиология. Показать все сообщения

воскресенье, 9 августа 2026 г.

Любопытные вопросы - 2

 

Источник:
Andreas Berheide via Legion Media

Каким может быть кислород?

У него есть три формы

До недавнего времени науке были известны только две модификации молекул кислорода. Первая — О2 является не чем иным, как кислородом, который все живые организмы используют для дыхания. Такой кислород — самый распространенный элемент на Земле. Он составляет 85% гидросферы, почти половину литосферы, и лишь в атмосфере, где кислород находится в свободном состоянии, он занимает второе место после азота — 23%.

О3 — это озон, который располагается преимущественно в верхних слоях атмосферы и защищает Землю от избыточной радиации. Озон образуется из О2 под действием солнечного излучения или электрического разряда. Он окисляет почти все металлы и большинство других элементов. Допустима лишь очень малая его концентрация, так как озон значительно более ядовит, чем угарный газ. Предельно допустимая концентрация — 0,00001%.

Существование модификации молекулы кислорода, состоящей из четырех атомов, эмпирическим путем было предсказано еще в 1920-е годы. Но получить такой кислород на практике удалось лишь в конце XX века. Для его создания ученые Римского университета заставили взаимодействовать парные молекулы кислорода и положительно заряженные ионы. В результате образовался положительный ион О4. А после добавления к полученному иону электрона была получена нейтральная молекула.

Для доказательства стабильности молекулы 4-атомного кислорода был использован метод спектрометрии, для проведения которого молекулу вновь разделили на ионы, предварительно удалив электрон. Эти вновь полученные частицы полностью соответствовали ионам первоначальной молекулы кислорода. Получение 4-атомного кислорода открывает перспективы для использования его в качестве активного окислителя ракетного топлива, что позволит увеличить вес полезного груза ракеты за счет сокращения массы окислителя.

https://tinyurl.com/47t4ufb3



Кто из живых самый «простой»?

Nanoarchaeum equitans — это единственный официально описанный вид ультрамелких морских архей из типа Nanoarchaeota, открытый в 2002 году немецким микробиологом Карлом Штеттером в гидротермальных источниках у побережья Исландии. Этот организм уникален тем, что является самым маленьким известным паразитическим или симбиотическим микроорганизмом на Земле и обладает одним из самых компактных геномов.

Ключевые биологические особенности

·        Экстремально малый размер: Диаметр клеток N. equitans составляет всего 0,35–0,50 мкм. Объём его клетки в 100 раз меньше, чем у обычной кишечной палочки.

·        Минимальный геном: Кольцевая ДНК содержит всего 490 885 пар нуклеотидов. В геноме полностью отсутствуют гены, отвечающие за синтез аминокислот, нуклеотидов, липидов и коферментов. Более 95% ДНК кодирует белки или стабильные РНК, что делает геном невероятно плотным. [1]

·        Облигатный паразитизм: Из-за неспособности самостоятельно синтезировать базовые органические компоненты, эта архея не может существовать и размножаться в чистой культуре. Она живет исключительно на поверхности клеток-хозяев — термофильных архей рода Ignicoccus (в частности, Ignicoccus hospitalis).

·        Образ жизни: Обычно на одной клетке хозяина прикрепляется от 2 до 4 (иногда больше) «карликовых» клеток N. equitans. Они буквально «оседлывают» хозяина, забирая у него питательные вещества и энергию.

Среда обитания: Является гипертермофилом. Оптимально развивается при температуре около 80 °C в горячих серных источниках на морском дне.]

Официальные англоязычные источники для детального изучения:

·        Научная работа о расшифровке генома в журнале PNAS / PubMed

·        Подробный разбор биологии микроба на MicrobeWiki

·        Обзорная статья на портале ScienceDirect [1, 2, 3]

 
Однако в 2025 году ученые открыли еще более мелкий организм - Sukunaarchaeum mirabile


Candidatus Sukunaarchaeum mirabile
— это уникальный микроорганизм из домена архей с рекордно малым геномом размером всего 238 тысяч пар оснований (238 кбп), открытие которого в 2025 году размыло границу между классическими живыми клетками и вирусами. [1, 2]
Находка принадлежит международной группе биологов из Канады и Японии под руководством эволюционного микробиолога Рё Харады (Ryo Harada) из Университета Далхаузи и Такуро Накаямы (Takuro Nakayama) из Университета Цукубы. [1, 2]

1. Как было сделано открытие
Ученые обнаружили Sukunaarchaeum случайно во время метагеномного анализа морского планктона, собранного в океане. Они секвенировали ДНК одноклеточной водоросли-динофлагеллята Citharistes regius, известной своими внутренними бактериями-симбионтами. [1, 2]
Среди ожидаемых цепочек генов исследователи наткнулись на странную крошечную кольцевую молекулу ДНК, длина которой составляла всего 5% от размера генома кишечной палочки (E. coli). Поначалу её приняли за артефакт секвенирования, но многократные перепроверки подтвердили: внутри планктона живет совершенно новая, автономно реплицирующаяся клеточная сущность. [1]
Свое название микроорганизм получил в честь Сукуна-бико-на — карликового божества из японской мифологии, а mirabile переводится с латыни как «удивительный» или «чудесный». [1, 2]

2. Главные особенности Sukunaarchaeum mirabile
  • Отсутствие метаболизма: У этого существа практически полностью удалены гены, отвечающие за выработку энергии, синтез аминокислот, углеводов и витаминов. Он не умеет самостоятельно питаться или дышать. [, 2]
  • Чистый репликативный коралл (Replicative Core): Геном содержит всего 189 генов, кодирующих белки. Почти все они сжаты до выполнения одной задачи — копирования собственной ДНК, транскрипции РНК и сборки белков. [, 2, 3]
  • Отличие от вирусов: Вирусы не имеют собственного аппарата для синтеза белка. Sukunaarchaeum, напротив, сохранил гены для построения собственных рибосом, транспортных и матричных РНК. То есть структурно это полноценная клетка, но функционально ведущая себя как вирус. [, 2, 3, 4]
  • Новая ветвь эволюции: Филогенетический анализ показал, что паразит является не просто «ужавшейся» версией известных микробов, а представляет собой древнюю, глубоко обособленную эволюционную ветвь внутри древа архей, которую выделили в отдельный тип. [1, 2]
  • Глобальное присутствие: Проверив общедоступные базы биоинформатических данных (Environmental Sequence Data) со всего мира, авторы открытия обнаружили, что похожие на Sukunaarchaeum фрагменты ДНК массово встречаются в морской воде по всей планете. Эта скрытая экосистема ультрамалых паразитов раньше просто игнорировалась фильтрами оборудования. [1]


среда, 17 марта 2021 г.

Из пучины в Тихом океане подняли микробов, которых не видит иммунитет человека

 

Иллюстративное фото бактерии Moritella: Yuichi Nogi/Infection

На глубине более 3000 м около островов Феникс в центральной части Тихого океана обнаружены бактерии, которых врожденный человеческий иммунитет просто не видит – настолько эти два вида чужеродны друг другу. Об этом в журнале Science Immunology пишет группа биологов Бостонского университета и Гарвардской медшколы, которая работала совместно с экипажем научного судна от Института океана Шмидта.

Ученые пишут о представителях рода Moritella из класса грамотрицательных морских гамма-протеобактерий.

Внешнее покрытие бактерий состоит из липополисахаридной (ЛПС) пленки: другие организмы распознают микробов по определенным лигандам (участкам молекул) этих веществ. Но ЛПС-рецепторы в культуре клеток человека, мышей и краба не смогли "засечь" 80% поднятых с глубины бактерий.

Это открытие расшатывает общепринятое убеждение, что наш иммунитет практически универсален, то есть может распознавать любые микроорганизмы, с которыми столкнется, в том числе из окружающей среды, с которой человек никогда не встречается.

Авторы пишут, что никто толком не проверял универсальность этого правила, и для обнаруженных ими глубоководных бактерий "люди – марсиане, и наоборот".

Они считают, что открытие может дать толчок к созданию новых биоинструментов и терапий. Например, использовать бактерии-"невидимки" для точечной доставки лекарств в органы или иммунной терапии.

 

Иллюстративное фото бактерии Moritella: Leibniz-Institut DSMZ

К гамма-протеобактериям относят чрезвычайно большое количество патогенных, вроде сальмонеллы, кишечной и чумной палочек, возбудителя брюшного тифа и холерный вибрион.


https://bit.ly/3rUrGIw

четверг, 27 октября 2016 г.

Энергия грибов: самая большая тайна

О чём думают грибы?
В 2000-м году профессор Тошиюки Накагаки, биолог и физик из японского университета Хоккайдо, взял образец желтого плесневого гриба и положил его у входа в лабиринт, который используется для проверки интеллекта и памяти мышей. В другой конец лабиринта он поместил кубик сахара.

Physarum polycephalum словно почувствовал запах сахара и начал посылать свои ростки на его поиски. Паутинки гриба раздваивались на каждом перекрёстке лабиринта, и те из них, которые попадали в тупик, разворачивались и начинали искать в других направлениях. В течение нескольких часов грибные паутинки заполнили проходы лабиринта, и к концу дня одна из них нашла дорогу к сахару.
После этого Тошиюки и группа его исследователей взяли кусочек паутинки гриба, участвовавшей в первом опыте, и положили его у входа копии того же лабиринта, также с кубиком сахара на другом его конце. Произошедшее поразило всех.
В первое же мгновение паутинка разветвилась на две: один отросток проложил свой путь к сахару, без единого лишнего поворота, другой – вскарабкался по стене лабиринта и пересёк его напрямую, по потолку, прямо к цели. Грибная паутинка не только запомнила дорогу, но и изменила правила игры.
Я осмелился сопротивляться склонности относиться к этим созданиям, как к растениям. Когда ты занимаешься исследованиями грибов в течение нескольких лет, то начинаешь обращать внимание на две вещи. Во-первых, грибы ближе к животному миру, чем это кажется. Во-вторых, их действия иногда выглядят, как результат сознательного решения. Я подумал, что грибам стоит дать возможность попробовать решить загадки…
— Тошиюки Накагаки
 Дальнейшие исследования Тошиюки установили, что грибы могут планировать транспортные маршруты не хуже и намного быстрее инженеров-профессионалов. Тошиюки взял карту Японии и поместил кусочки пищи в местах, соответствующих крупным городам страны. Грибы он положил «на Токио». Спустя 23 часа они построили линейную сеть паутинок ко всем кусочкам пищи. В результате получилась почти точная копия железнодорожной сети вокруг Токио.
Не так уж сложно соединить несколько десятков точек; а вот соединить их эффективно и наиболее экономно – это уже совсем не просто. Я верю, что наши исследования не только помогут понять, как улучшать инфраструктуру, но и как строить более эффективные информационные сети. – Тошиюки Накагаки

ЗАГАДКА ДРУГОГО СУЩЕСТВА
Только по скромным оценкам, на Земле существует около 160 тыс. штаммов грибов, большинство из которых обладают впечатляющими способностями.
К примеру, в Чернобыле был обнаружен гриб, питающийся радиоактивными продуктами и, заодно, очищающий воздух вокруг себя. Этот гриб был найден на стене разрушенной АЭС, которая в течение многих лет после катастрофы продолжала производить излучение, уничтожающее всё живое в радиусе нескольких километров.
Исследуя леса Амазонки, двое студентов-биологов из Йельского университета нашли грибок Pestalotiopsis microspora, способный разлагать пластик. Эта способность обнаружилось, когда грибок съел чашку Петри, в которой его выращивали.
До сих пор ни наша наука, ни наша технология не способны на это. Загрязнение пластиком является одной из самых больших технологических проблем. Сегодня мы возлагаем огромные надежды на этот грибок.
— Профессор Скот А. Стробл
Генетикам из Американского Института Биоэнергии удалось добиться того, чтобы штамм грибов быстрее переваривал природный сахар — ксилозу. Потенциальное значение этого открытия заключается в создании нового, дешевого и быстрого способа производства чистого биологического топлива.
Казалось бы, каким образом «примитивный» организм, не имеющий мозга и ограниченный в передвижении, творит чудеса, неподвластные науке?
Чтобы попытаться понять мир гриба, надо сначала кое-что пояснить. Шиитаке, портобелло и шампиньон – это не только названия съедобных грибов. Каждый из них — это живой организм, представляющий сеть из миллионов тончайших паутинок под землёй. Выглядывающие из земли грибы – это только «кончики пальцев» этих паутинок, «инструменты», с помощью которых организм распространяет свои семена. В каждом таком «пальце» содержатся тысячи спор. Их разносят ветер и животные. Когда споры попадают в землю, то создают новые сети, и прорастают новыми грибами.
Это существо дышит кислородом. Оно так необычно с биологической точки зрения, что его относят к собственному царству, отделив и от животных и от растений.
Но что мы действительно знаем об этой форме жизни?
Мы не знаем, что побуждает подземную систему паутинок в определённый момент выпустить грибы на поверхность земли; почему один гриб растёт в сторону одного дерева, а другой – в сторону другого; и почему одни из них вырабатывают смертельные яды, а другие – вкусны, полезны и ароматны. В некоторых случаях мы даже не можем предсказать временной график их развития. Грибы могут появиться через три года, а могут и через 30 лет после того, как их спора нашла подходящее дерево. Иными словами, мы не знаем о грибах даже самых основных вещей. — Майкл Поллан, исследователь.
 КОРОЛЕВА МЁРТВЫХ
Нам трудно понять грибы из-за их анатомического строения. Когда вы берёте в руку помидор, вы держите в руке весь помидор, как он есть. Но вы не можете сорвать гриб и исследовать его структуру. Гриб – всего лишь плод большого и сложного организма. Сеть паутинок слишком тонка, чтобы её можно было очистить от земли, не повредив. — Сгула Моцпи, микробиолог.
Ещё одна проблема заключается в том, что большинство лесных грибов невозможно одомашнить и очень трудно выращивать, как для исследования, так и в промышленных целях.
Они выбирают лишь определённую подстилку, сами решают когда прорастать. Часто их выбор падает на старые деревья, которые невозможно перенести на другое место. И даже если мы посадим в лесу сотни подходящих деревьев и распылим по земле миллиарды спор, то не будет никакой гарантии получения грибов в приемлемое время. — Майкл Поллан, исследователь.
Системы питания, роста, размножения и производства энергии у грибов совершенно другие, чем у животных. У них нет хлорофилла, и поэтому, в отличие от растений, они не используют напрямую энергию солнца. Шампиньоны, шиитаке и портобелло, например, растут на подстилке из завядших растений.
Подобно животным, грибы переваривают пищу, но, в отличие от них, переваривают пищу вне своих тел: грибы выделяют ферменты, которые разлагают органическое вещество на его составляющие, а потом впитывают эти молекулы.
Если почва – это желудок земного шара, то грибы – его пищеварительные соки. Без их способности разлагать и перерабатывать органические вещества, земля давно бы задохнулась. Мертвая материя бесконечно бы накапливалась, углеродный цикл прервался, и всё живое осталось бы без пищи.
В своих исследованиях мы фокусируемся на жизни и росте, но в природе не менее важны смерть и распад. Грибы являются бесспорными правителями царства смерти. Поэтому, кстати, их так много на кладбищах. Но самая большая тайна – это огромная энергия грибов. Есть грибы, способные взломать асфальт, светиться в темноте, переработать за ночь целую кучу нефтехимических отходов и превратить её в съедобный и питательный продукт. Гриб Coprinopsis atramentaria способен за несколько часов вырастить плодовое тело и после этого, за один день, превратиться в лужу чёрных чернил.
Галлюциногенные грибы меняют сознание людей. Есть ядовитые грибы, способные убить слона. И парадокс в том, что все они содержат крошечное количество калорий, с помощью которых исследователи обычно измеряют энергию. Наш способ измерения энергии, по-видимому, здесь не подходит. Калории характеризуют солнечную энергию, хранящуюся в растениях. Но грибы слабо связаны с солнцем. Они прорастают ночью и вянут днём. Их энергия — это что-то совсем другое.
— Майкл Поллан, исследователь.

ИНТЕРНЕТ ПОД ЗЕМЛЁЙ
Грибница – это сложная инфраструктура, на которой располагаются все растения в мире.В десяти кубических сантиметрах почвы можно найти восемь километров её паутинок. Ступня человека покрывает около полумиллиона километров тесно расположенных паутинок. — Пол Стемец, миколог.
Что происходит в этих паутинках?
В начале 1990-х годов впервые возникла идея о том, что сеть этих паутинок не только передаёт питание и химические вещества, но и является умной и самообучающейся сетью связи. Рассматривая даже небольшие участки этой сети, легко узнать знакомую структуру. Графическое изображение интернета выглядят точно так же.
Сеть ветвится, и если одна из ветвей выходит из строя, то она быстро заменяется обходными путями. Её узлы, находящиеся в стратегических районах, лучше снабжаются питанием за счёт менее активных мест, и укрупняются. У этих паутинок есть чувствительность. И каждая паутинка может передать информацию всей сети.
И нет никакого «центрального сервера». Каждая паутинка самостоятельна, и собираемая ею информация может передаваться в сеть по всем направлениям. Таким образом, базовая модель интернета существовала во все времена, только пряталась она в земле.
— Пол Стемец, миколог
Сама сеть, похоже, может расти до бесконечности. К примеру, в штате Мичиган была найдена грибница, которая разрослась под землёй на площадь в девять квадратных километров. По оценкам, её возраст составляет около 2000 лет.
Когда сеть решает вырастить грибы?
Иногда причиной является опасность для будущего сети. Если лес, питающий сеть, сгорает, грибница прекращает получать сахары от древесных корней. Тогда она проращивает грибы на самых отдалённых своих концах, чтобы они распространяли грибные споры, «освободили» её гены и дали им возможность найти новое место. Так появилось выражение «грибы после дождя». Дождь вымывает из земли органическую гниль и, в сущности, лишает сеть источника её питания — тогда сеть и посылает «спасательные отряды» со спорами на поиски нового пристанища.
КОШМАР ДЛЯ НАСЕКОМЫХ
«Поиск нового дома» – это ещё одно, что отличает грибы от царства животных и растений. Есть грибы, которые распространяют свои споры подобно тому, как фрукты распространяют свои семена. Другие вырабатывают феромоны, побуждающие живых существ навязчиво их жаждать. Собиратели белых трюфелей используют для поисков свиней, так как запах этих грибов похож на запах альфа-кабана.
Однако существуют и более сложные и жестокие способы распространения грибов.Наблюдение за западноафриканскими муравьями вида Megaloponera foetens зафиксировало, что они ежегодно взбираются на высокие деревья, и с такой силой вонзают свои челюсти в ствол, что после этого не могут освободиться и погибают. Ранее случаи массового самоубийства муравьёв не наблюдались.
Оказалось, что насекомые действуют против своей воли, и кто-то другой посылает их на смерть. Причина – мельчайшие споры гриба הטומנטלה, которым иногда удаётся попасть во рты муравьёв. Находясь в голове насекомого, спора посылает в его мозг химические вещества.
После этого муравей начинает карабкаться на ближайшее дерево и вонзает челюсти в его кору. Здесь, словно очнувшись от кошмара, он начинает пытаться освободиться и, в конце концов, обессиленный, – умирает. Примерно через две недели из его головы прорастают грибы הטומנטלה.
 На деревьях в Камеруне можно увидеть сотни грибов, растущих из тел муравьёв. Для грибов эта власть над мозгом является средством размножения: они используют лапки муравья, чтобы взобраться на дерево, а высота помогает распространению их спор ветром; так они находят себе новые дома и…. новых муравьёв.
Тайский «гриб зомби» Ophiocordyceps unilateralis побуждает питающихся им муравьев вскарабкиваться на листья некоторых растений. Расстояние, которое преодолевают для этого зараженные муравьи, значительно превышает расстояния в их обычной жизни, и потому, добравшись до листьев, насекомые умирают от усталости и голода, а спустя две недели из их тел прорастают грибы.
Это существа, возможно, самые поразительные из всех виденных мною. Мы считаем, что они вырабатывают химические вещества подобные ЛСД, но мы ещё не встречали наркотики, которые вызывают поведение, соответствующее чьим-то интересам. — Профессор Дэвид Хьюз.
Хьюз обнаружил грибы, управляющие мозгом пауков, вшей и мух.
Это не совпадение, естественный отбор или побочные явления другого процесса. Эти насекомые посылаются против своей воли туда, где им не стоит быть, но нравится грибам. Когда мы перенесли зараженных муравьёв на другие листья, то грибы просто не проросли. — Профессор Дэвид Хьюз
 КАК ИЗОБРЕЛИ АНТИБИОТИКИ
В том, что грибы могут вырабатывать сильные яды, есть и положительная сторона.Некоторые из этих ядов являются эффективным оружием против наших общих врагов. Например, микробов.
Источник лучших антибиотиков – в грибах.
— Пол Стемец, миколог.
Из 160 тыс. видов грибов, тела которых содержат сложные химические соединения, наука смогла расшифровать и воспроизвести только 20, и среди них найдены несколько важнейших лекарств.
Существует причина, по которой грибы производят лекарства. Они всегда растут в самых плохих местах, в сырости, в жаре, в местах, которые представляют собой «фабрики микробов и вирусов». У большинства растений нет защиты от этих факторов, а вот грибы – сопротивляются. Известное лекарство Липитор, являющееся одним из немногих известных нам решений для проблем с холестерином и диабетом, было обнаружено в красном китайском грибе. А грибы еноки и шиитаке входят в корзину лекарств, получаемых онкологическими больными в Японии. — Элинор Шавит, микролог.
К сожалению, разнообразие грибных лекарств постоянно уменьшается. Причина – в уничтожении древесных лесов, особенно – в бассейне Амазонки.
Заодно с другими формами жизни, мы уничтожаем и грибы. Число их разновидностей постоянно уменьшается и это беспокоит меня из чисто корыстных соображений. Мир преподнёс ошеломляющий подарок – огромную природную лабораторию по изготовлению лекарств. От пенициллина и до средств от рака, СПИДа, гриппа и старческих болезней. Древние египтяне неспроста называли грибы «богом смерти». Сегодня мы последовательно уничтожаем эту лабораторию…
— Пол Стемец, миколог.
Стемец рассказывает о грибе фомитопсис. Этот гриб, найденный в 1965 году, проявил себя эффективным средством от туберкулёза, а сегодня он растёт только в пяти местах на территории США. В Европе этот гриб уже полностью исчез.
С группой специалистов мы десятки раз отправлялись в леса, пытаясь найти ещё несколько подобных грибов. После долгих усилий мы всё-таки нашли один образец, который удалось вырастить в лаборатории. Кто знает, скольких людей спасёт этот гриб в будущем. — Пол Стемец, миколог.
В прошлом году Стемец присоединился к программе биологической защиты минобороны США и помогал в поиске и сохранении 300 редких видов грибов.
Мы провели эксперимент: собрали четыре кучи отбросов. Одна использовалась нами как контрольная; в две другие мы добавили химические и биологические вещества, разлагающие мусор; над последней – распылили грибные споры.
Вернувшись через два месяца, мы обнаружили три тёмных зловонных кучи и одну яркую, заросшую сотнями килограммов грибов… Часть ядовитых веществ превратились в органические.
Грибы привлекли насекомых, те отложили яйца, из которых вылупились гусеницы, и тогда появились птицы – и вся эта куча превратилась в зелёный, полный жизни холм. Когда мы попробовали сделать то же самое в загрязнённых реках, то отметили процесс очищения от ядов. Вот что надо исследовать! Возможно, все наши проблемы с загрязнением можно решить с помощью подходящих грибов.
— Пол Стемец, миколог.

А ГДЕ ЖЕ МОЗГ?
«По одной из оценок, у грибов это работает подобным же образом, – говорит Тошиюки, — С чисто биологической точки зрения, каждая паутинка в отдельности получает химические сигналы о том, куда ей стоит двигаться и чего избегать. Сумма этих сигналов создаёт своеобразную систему принятия решений. Другими словами, интеллект гриба – в его сети. Добавьте к этому миллионы лет эволюции в самых трудных условиях, умноженные на сотни тысяч разных видов, и вы получите что-то, что, в любом случае, должно быть достаточно умным».
— И это Ваше объяснение происходящего?
— Это начало.
Автор: Игнат Гвоздик